В Томске проходит первая в РФ школа «Секвенирование единичных клеток»
Организаторами мероприятия выступили Томский НИМЦ, Томский государственный университет и Университет ИТМО. Школа проходит при финансовой поддержке Российского научного фонда (проект №19-75-30016) и технической поддержке компании SkyGen.
– Секвенирование единичных клеток является трендом в современной биологии и медицине, – говорит один из организаторов мероприятия, с.н.с. Томского НИМЦ, доцент ТГУ Евгений Денисов. – Данный метод включает в себя анализ генома, эпигенома и транскриптома единичных клеток. Он позволяет изучать молекулярный портрет каждой клетки в отдельности в составе сложно устроенных тканей организма. Это необходимо для понимания того, насколько различные процессы, протекающие внутри одной клетки, взаимосвязаны друг с другом и насколько вариабельна экспрессия генов в клетке. Кроме того, секвенирование единичных клеток открывает возможности для идентификации ранее не известных клеточных процессов.
Новое направление бурно развивается в течение последних пяти лет. Школ, посвященных ему, в России пока не было. Сам формат мероприятия, сочетающий в себе экспериментальную часть, биоинформатический блок и круглый стол с докладами участников, уникален не только для РФ, но и для мира.
В начале школы молодые исследователи из Москвы, Санкт-Петербурга, Иркутска, Новосибирска, Томска и Саранска прослушают лекции ведущих ученых в области клеточной сортировки, биологии циркулирующих опухолевых клеток (ЦОК), подготовки библиотек из единичных клеток и их секвенирования.
В качестве лекторов школы выступят Павел Морозов из Университета Рокфеллера (Нью-Йорк, США), Константин Оконечников из Центра исследования рака (Гейдельберг, Германия), Алексей Сергушичев и Константин Зайцев из Университета ИТМО (Санкт-Петербург, Россия), Софья Касацкая из Института биоорганической химии РАН (Москва, Россия), ученые из Томского НИМЦ и Томского государственного университета.
Во время практических занятий молодые ученые смогут познакомиться с работой прибора 10х Genomics, предназначенного для подготовки единичных клеток к секвенированию и расположенного в НИИ онкологии Томского НИМЦ. Само секвенирование будет выполнено на платформе NextSeq500, находящейся в лаборатории трансляционной клеточной и молекулярной биомедицины ТГУ. Данные, полученные в ходе секвенирования, послужат основой для демонстрации участникам школы современных методов биоинформатического анализа.
5 июня состоится круглый стол с докладами по результатам собственных исследований, полученных во время практических занятий.
6 и 7 июня пройдут лекции и практикум, посвященные биоинформатическому анализу данных секвенирования единичных клеток.
Источник: Новости ТГУ